スキャパ蒸溜所では、英国本島からノン・ピーテッドの麦芽を入荷しています。
それぞれに30トンの容量を持つ麦芽ホッパーは4基あり、週8回行われる2.9トン分のマッシュ作業に十分な貯蔵量を誇っています。

糖化（マッシング）は、蒸溜所から西へ2マイル程の所にあるオークイルの水を使って行われています。この水は硬水です。スコットランドでは雨水が水晶質の土壌に浸み込むため、殆どの水が軟水ですが、土壌が石灰質または砂岩である場合は硬水も湧き出ます。砂岩に浸透した水は炭酸塩や硫酸塩に富んでおり、スキャパで使用されている仕込水も同様です。
ステンレス製の仕込槽には美しいドーム型をした銅製の蓋がついており、人の力で5時間作動させることにより麦汁13,500リットル生産しています。スキャパでは、今でもオークイルの水を使用し伝統的な手法を採用しています。

発酵室には、一度の糖化作業で作られた麦汁をそれぞれ貯蔵できる、同容量の発酵槽が8基あります。（4基は1955年に作られたコールテン鋼製ですが、残りの4基は1978年に設置されたステンレス製です。）麦汁は乾燥アンカー・イーストと合わせ、攪拌されます。発酵時間は100時間を超え、業界でも比較的長い発酵時間と言われており、冷却容器を使用していないため温度管理は15℃程の設定温度を保つことでのみ行われています。

船首に似た内装の蒸溜室には、2基のポットスチルと地面に埋められたアルコール濃度検度器（スピリットセーフ）があります。初溜釜はローモンド・スチル（1959年設置。容量13,500リットル）で、5時間をかけてじっくりと蒸溜しています。
容量9,000リットルの再溜釜は、一工程6時間半で行う玉ねぎ型です。
初めの15分間で溜出される蒸溜液を前溜とし、その後1時間半で本溜を確保、残りの時間の溜出液は後溜となります。こうして、新品の革とパイナップルの香りがする、と評されるライトなニューポットが誕生します。

蒸気は、スチル室のシェル＆チューブタイプのコンデンサーで凝縮して液化されます。これらの機器は隣り合わせで、ポットスチルからは25フィート程離れた位置に設置されています。この配置により、機械が銅製であるにも関わらず、船内にいるような様相を呈しています。また、コンデンサーの冷却水は、蒸溜所の脇を海へと流れるリングロ・バーンの小川から引かれています。

原酒は厳選されたアメリカンオーク樽に詰められ、スキャパ蒸溜所においては敷地内にある海のそばの貯蔵庫で熟成されます。
この貯蔵庫では海に近いことにより生まれる倉庫内の海水混じりの微気候の影響で、かすかに塩味のするドライな後味の原酒が生まれるのだとされています。
熟成されたウイスキー原酒は、キースやダンバートンへと出荷、瓶詰めされます。